生物安全柜在安防过程中有很多问题要注意，安装位置不当，会造成污染。生物安全柜两侧、后侧应留30 cm，顶部留出足够30～34 cm的空间；为减少气流扰动，保证安全柜正常工作，生物安全柜应放置在远离实验室入口、门窗、暖气、走道，避开送风口，避免外界气流对柜内气流造成扰动。生物安区柜放置的房间必须有足够的送风量，Ⅱ级A2排气量约在700～1200 m3/h，B2则在1000～1600 m3/h,有的型号更高，如果没有足够的补充送风，生物安全柜所在房间成为高负压状态， 生物安全柜无法正常工作。

    很多实验室购置Ⅱ级A2生物安全柜后，认为排风管道接到室外比排到室内安全。其实，生物安全柜排风出口带有过滤器，所排出的气体被证明是安全的，对室内环境没有影响；另外，将室内舒适工作环境的洁净空气排到室外会大大增加运行成本，因此，除了操作危险度较高的实验对象或能产生化学气味的化学试剂，安全柜排风排到室内是安全可行的。